Muzeum kieruje i zarządza Dyrektor na zasadzie jednoosobowego kierownictwa ponosząc odpowiedzialność przed Zarządem Województwa kujawsko-Pomorskiego za całokształt działalności i wyniki pracy instytucji.dyrektorowi podlegają bezpośrednio: kierownicy działów, oddziałów, główna księgowa.

Dyrektora wspiera Rada Muzealna.

Działalność Muzeum oparta jest na rocznych planach pracy:

- długofalowych planach badań naukowych

- rocznych planach działalności oświatowych

- rocznych planach wydawnictw

- rocznych planach w zakresie inwestycji, remontów, itp.

- rocznych planach finansowych

- rocznych planach inwentaryzacji

- kwartalnych planach pracy 

wersja do druku